Ông có trên một trăm tác phẩm (có nguồn ghi 119 tác phẩm), nhiều quyển đáng chú ý, như:

• Chuyện đời xưa
• Abrégé de grammaire annamite (Tóm lược ngữ pháp An Nam)
• Kim Vân Kiều (bản phiên âm ra chữ quốc ngữ đầu tiên)
• Lục Vân Tiên (bản phiên âm ra chữ quốc ngữ đầu tiên năm 1889, tái bản lần thứ 5 năm 1901)
• Tiểu giáo trình Địa lý Nam Kỳ
• Ký ức lịch sử Sài Gòn và vùng phụ cận
• Cours de langue annamite (Bài giảng ngôn ngữ An Nam)
• Voyage au Tonkin en 1876 (Chuyến đi ra Bắc Kỳ năm Ất Hợi, 1786)
• Guide de la conversation annamite (Hướng dẫn đàm thoại An Nam)
• Phép lịch sự An Nam (Les convenances et les civilités annamites)
• Lục súc tranh công
• Cours de la langue mandarine ou des caractères chinois (Bài giảng tiếng quan thoại hay chữ Trung Quốc)
• Cours d'histoire annamite (Bài giảng lịch sử An Nam)
• Dư đồ thuyết lược (Précis de géographie)
• Đại Nam tam thập nhất tỉnh thành đồ
• Cours de littérature annamite (Bài giảng văn chương An Nam)
• Cours de géographie générale de l'Indochine (Bài giảng địa lý tổng quát Đông Dương)
• Đại Nam tam thập nhứt tỉnh địa đồ
• Grand Dictionnaire Annamite-Français (Đại tự điển An Nam-Pháp)...[23]

Tổng cộng Trương Vĩnh Ký cho ra 121 tác phẩm chữ Việt và chữ Pháp mà nội dung được ông viết trong thư năm 1882 rằng[24]:

“Trong các tác phẩm của tôi không bao giờ đi lệch mục đích chính là sự biến cải và đồng hóa dân tộc An Nam (theo tiêu chuẩn Ki-tô giáo Pháp)... Đệ trình với quý vị những tác phẩm này, tôi khẩn xin quý vị thẩm định mục đích mà tôi đã đề ra khi soạn thảo, và nếu quí vị nghĩ rằng những tác phẩm đó có thể là một lợi khí của tiến bộ và là một phương tiện thích hợp để tạo ra trong lúc này, sự thay đổi và đồng hóa mà nhà cầm quyền (thực dân Pháp) đang tìm cách thực hiện ở xứ này có lợi cho những kẻ thần phục mới của nhà cầm quyền, tôi mong rằng qúy vị sẽ góp phần vào việc xuất bản những sách này.”